余杭区人民检察院共设9个部门,分别为:办公室、第一检察部(普通刑事犯罪检察)、第二检察部(经济犯罪检察、重大刑事犯罪检察)、第三检察部(网络犯罪检察)、第四检察部(刑事执行检察)、第五检察部(民事检察)、第六检察部(行政检察、公益诉讼检察)、第七检察部(控告申诉检察、法律政策研究、案件管理,挂公益损害与诉讼违法举报中心牌子)、政治部。
近年来,在上级检察院的关心支持和全院干警的共同努力下,我院连续11年被评为全省先进,也是全省唯一一个连续11年获此殊荣的基层院。2022年,余杭区检察院共获得最高检荣誉表彰7项,省市级荣誉表彰22项,办理的2起案件入选最高检指导性案例。