余杭区人民检察院共设9个部门，分别为：办公室、政治部、第一检察部（普通刑事犯罪检察）、第二检察部（经济犯罪检察、重大刑事犯罪检察）、第三检察部（网络犯罪检察）、第四检察部（刑事执行检察、司法警察）、第五检察部（民事检察）、第六检察部（公益诉讼检察）、第七检察部（控告申诉检察、法律政策研究、案件管理，挂公益损害与诉讼违法举报中心牌子）。另设2个基层（派驻）检察室，分别为：驻余杭组团检察室（含行政检察）、驻良渚组团检察室（含未成年人检察）。
近年来，余杭区人民检察院连续11年获评全省先进基层检察院。2021年以来，先后荣获“全国检察机关文明接待室”“全国维护妇女儿童权益先进集体”“全国检察机关优秀办案团队”等国家级荣誉，办理的2起案件入选最高检指导性案例。2023年11月获得检察系统最高集体荣誉“全国模范检察院”。